مبنای قانونی حسابرسی سیستمی حسابرسی سیستمی بر پایه احکام مختلف قانون مالیات‌های مستقیم و قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان انجام می‌شود. از مهم‌ترین مستندات قانونی می‌توان به موارد زیر اشاره کرد: ماده ۱۶۹ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم؛ اعطای اختیار به سازمان امور مالیاتی برای جمع‌آوری و پردازش اطلاعات مالی و اقتصادی مؤدیان از دستگاه‌های مختلف. ماده ۹۷ قانون مالیات‌های مستقیم؛ تعیین درآمد مشمول مالیات بر اساس اسناد، مدارک و اطلاعات قابل اتکا، از جمله داده‌های موجود در پایگاه‌های اطلاعاتی. قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان؛ الزام به صدور و ثبت صورت‌حساب الکترونیکی و ایجاد بستر لازم برای رسیدگی سیستمی و هوشمند. مزایای حسابرسی سیستمی کاهش رسیدگی‌های سلیقه‌ای افزایش دقت و سرعت تشخیص مالیات شناسایی مغایرت‌های اطلاعاتی کاهش مراجعات حضوری مؤدیان استقرار عدالت و شفافیت مالیاتی جمع‌بندی حسابرسی سیستمی، آینده نظام مالیاتی ایران است. با توسعه سامانه مؤدیان و تبادل اطلاعات موضوع ماده ۱۶۹ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم، رسیدگی مالیاتی بیش از گذشته بر مبنای داده‌های واقعی انجام می‌شود. از این‌رو، ثبت صحیح اطلاعات، صدور صورت‌حساب الکترونیکی و انطباق اسناد مالی با اطلاعات سامانه‌ها، مهم‌ترین راهکار برای کاهش ریسک مالیاتی و موفقیت در رسیدگی‌های سیستمی است.